В начале 2006 года редактора журнала обвинили в размещении порочащей информации в отношении должностных лиц МВД на сайте "Нового Фокуса". Всего исков, которые рассматривал суд, было три. Два из них были поданы от имени МФД Хакасии, один иск подал начальник МВД Владимир Пономарев.
Деловая репутация милиции была якобы задета статьями Афанасьева "Оперное искусство" и "Воспроизводство преступности выстрелило под окнами прокуратуры". В первой статье говорилось о фальсификации доказательств следственными органами МВД, в частности, раскрывался факт подделки подписей понятых. В своем исковом заявлении правоохранители заявили, что подделка подписей понятых в процесуальных документах является нарушением Уголовно-процессуального кодекса (УПК), а не закона в общем и целом. Во втором иске МВД Хакасии просит суд признать несоответствующими действительности ряд фраз в статье "Воспроизводство преступности выстрелило под окнами прокуратуры". В статье рассказывалось о произошедшей в Абакане 30 октября стрельбе под огнами республиканской прокуратуры и о том, что милиция не намерена возбуждать по этому инциденту уголовное дело. Представители МВД заявили на суде, что фраза "воспроизводство преступности" порочит деловую репутацию МВД, полагая что уровень преступности зависит от действий МВД, однако не смогли вспомнить ни одного дня, когда бы в Хакасии не было преступности.
Изначально заявление о возбуждении уголовного дела в отношении Афанасьева рассматривала мировой судья города Абакана Елена Илюшенко. Изучив материалы дела она оправдала главного редактора, сославшись на отсутствие состава преступления.
Не согласившись с решением Мирового суда прокуратура обратились с жалобой в Абаканский городской суд, где это решение было отменено и Михаила приговорили к двум годам лишения свободы условно с испытательным сроком три года.
Президиум Верховного суда Республики отменил приговор и направил дело на рассмотрение апелляционной инстанции. В свою очередь Абаканский городской суд, рассмотрев материалы дела, оправдал Михаила Афанасьева.
"На сегодняшний день, оправдание в Российской Федерации становится музейным вариантом правосудия. Но, я очень рад благоразумию судебной системы, которая хоть иногда радует нас такими редкими решениями. Можно надеяться, что в государстве с установкой "никаких оправдательных приговоров" может, что то измениться, так как необходимо не запрещать выносить оправдательные приговоры, а надлежащим образом квалифицированно проводить предварительное следствие, основываясь на основных принципах законности, обоснованности, всесторонности и полноте предварительного следствия, чтобы судьи могли "не закрывая глаза" выносить законные решения, не выдумывая сказочные варианты опровержений доводов защиты", - сказал руководитель СПЦ Дмитрий Ланцов.
